Tăng cường công tác thanh tra kiểm tra chống thất thu, tập trung thanh, kiểm tra đối với các doanh nghiệp theo chuyên đề có dấu hiệu chuyển giá, có giao dịch liên kết, các đơn vị có rủi ro cao về thuế, các đơn vị giao dịch đáng ngờ qua ngân hàng.
Bên cạnh đó, năm 2021 Cơ quan Thuế Hà Nội đẩy mạnh công tác phối hợp với các lực lượng chức năng trong việc điều tra xác minh các hoạt động mua bán hàng hóa của các doanh nghiệp trên địa bàn để thực hiện tốt công tác chống thất thu cho ngân sách, chống buôn lậu hàng giả, hàng vi phạm sở hữu trí tuệ; kiểm tra xử lý các đơn vị sử dụng hóa đơn bất hợp pháp, các đơn vị trây ỳ nợ đọng thuế kéo dài. Ngoài ra, Cục Thuế Hà Nội đã cử cán bộ tham gia các đoàn kiểm tra liên ngành của Ban Chỉ đạo 389 thành phố về kiểm tra mặt hàng xăng dầu, khí hóa lỏng... theo đúng chức năng nhiệm vụ của ngành mình quản lý.
Trong năm 2020, Cục Thuế Hà Nội đã thanh tra, kiểm tra 22.606 doanh nghiệp, xử lý 21.801 trường hợp vi phạm. Truy thu, truy hoàn và phạt hành chính: 2.983 tỷ 191 triệu đồng. Trong đó: Phạt hành chính: 994 tỷ 397 triệu đồng. Truy thu thuế, thu hồi thuế sau thanh tra, kiểm tra: 1.988 tỷ 794 triệu đồng.